En 1899 : La douane s’organise autour du port de Djibouti.                                                                                                                        En 1949 : Avec l’avènement du franc djiboutien rattaché au dollar US, la douane a été supprimée pour faire du port de Djibouti un port franc afin de le rendre concurrentiel  par rapport à celui d’Assab et créer une place financière importante pour attirer des investisseurs français. Le résultat de cette réforme coloniale a donné lieu à une fiscalité nulle sur le territoire djiboutien, impliquant une dotation budgétaire en provenance de la France (décret RF n°49374 du 20 mars 1949 et n° 49376 du 20 mai 1949).                                                   

En 1956: Sous le gouvernement de Pierre Mendès France (IVème République), les territoires d’outre-mer ont été appelés à lever des impôts indirects sur leur territoire pour financer leurs économies:   

                                                                       –  Création du service des contrebutions indirectes

                                                                       –  Mise en place du code général des impôts

                                                                       –  Apparition de la Taxe Intérieure de Consommation (TIC)

Cette taxe frappait à l’origine les ventes effectuées par les grossistes, les semi-grossistes et les détaillants. C’est une taxe sur le chiffre d’affaires. Pour collecter cet impôt, le service des contributions indirectes fut créé.

En 1962 : Une reforme du code général des impôts a été initiée par le gouvernement territorial pour palier aux pertes de recettes liées à la manière d’imposition et de collecte de la TIC. Désormais, la TIC est collectée à la source, c’est-à-dire lors du passage de la frontière fiscale. Elle repose sur la valeur des importations. De ce fait, la TIC, dans sa manière d’être liquidée et collectée, est devenue un droit de douane jusqu’à la nouvelle reforme du code général des impôts en octobre 2000. Lequel a étendu le champ d’application de la TIC à la production nationale, dénaturant ainsi les sous-entendus de droit des douanes ou des taxes à effets équivalents contenus dans la première définition de la TIC. Pour mener à bien ses missions, le service des contributions indirectes, bien qu’il ne se nomme pas douane, a dû adapter ses méthodes de travail. 

La délibération de 1976 a donné une nouvelle dimension au service des contributions indirectes en créant une branche brigade de surveillance et une autre chargée des opérations commerciales Ainsi ce service va exercer désormais tous les prérogatives propres à une administration douanière sans pour autant lui donner le titre officiel d’une douane. Cette configuration perdurera jusqu’au 1999.

Décret n° 99 – 0025/PR/MEFPP pris en application de la loi n° 15/AN/98 4ème L du 1er avril 1998 qui a mis en place la Sous-direction des recettes indirectes. La douane actuelle résulte de la loi 102/AN/05/5ème L promulguée en avril 2005 et se nomme désormais « Direction des douanes et droits indirects ».                                                                                                                         

La Loi 53/AN/ 6ème L de juin 2014 renomme  la douane qui devient dès lors «  Direction générale des douanes et droits indirects ».